По структуре прогнозировать свойства, в меру сил, и возможные последствия точечных и не очень точечных мутаций.
Белки они как мебель - стулья могут быть очень разными на первый взгляд, но всегда видно - вот эта вот конструкция это стул, а вот это у него ножки, а это спинка - если мы отпилим спинку, сидеть все равно будет можно, а если мы отпилим одну ножку - фиг. Не, что-то из этого можно увидеть просто по первичной последовательности и иногда приходится обходиться именно оной, но далеко не все - трехмерная структура все-таки более информативна.